必不可少大型設備：高壓滅菌鍋、超凈工作臺（或生物安全柜）、培養箱。

小型的儀器可以根據需要購置：如均質機、渦旋儀、移液器等。

還有制取蒸餾水的蒸餾水器，微生物實驗一般要求都要使用蒸餾水，對于食品關于衛生方面的檢測好像有三個指標樣，分別是大腸菌群，大腸桿菌，以及腸道致病菌。